長崎県内に被害を及ぼす地震の震源としては「6つの活断層」があげられています。最も大きな被害が予測されているのは「雲仙地溝南縁東部断層帯と西部断層帯の連動」で、マグニチュード7.7、死者数2,150人が予測されています。また「南海トラフ巨大地震」では、津波により最大死者約80人の被害が予測されています。

「長崎県地震等防災アセスメント調査報告書」（平成18年3月）によりますと、長崎県地震発生想定検討委員会が検討した『県内に被害を及ぼす地震の震源』として想定される活断層は6つです。

【震源として想定する活断層（震源）】
・雲仙地溝北縁断層帯…マグニチュード7.3
・雲仙地溝南縁東部断層帯…マグニチュード7.0
・雲仙地溝南縁西部断層帯…マグニチュード7.2
・雲仙地溝南縁東部断層帯と西部断層帯の連動…マグニチュード7.7
・島原沖断層群マグニチュード…6.8
・橘湾西部断層帯マグニチュード…6.9
・大村－諫早北西付近断層帯…マグニチュード7.1

このうち5つのケースについて被害予測が示されています。以下は早朝5時に起きた場合の被害予測です。冬の夕方に起きた場合は、火災による被害がさらに大きくなると予測されています。

（1）雲仙地溝北縁断層帯（M7.3）の場合

【死者数予測・計1,088人】
・揺れ：773人
・斜面崩壊等：178人
・火災：137人

【建物被害】※早朝5時に起きた場合
・大破棟数　19,305棟（被害率2.95%）
・人的被害(揺れ・斜面)　死者数951人（被害率0.06%）

【火災被害】※夏・早朝5時に起きた場合
・焼失棟数　7,516棟（被害率1.15%）
・死者数　　137人（被害率0.01%）

（2）雲仙地溝南縁東部断層帯と西部断層帯の連動（南縁連動）（M7.7）の場合

【死者数予測・計2,150人】
・揺れ：1,689人
・斜面崩壊等：312人
・火災：149人

【建物被害】
・大破棟数　34,262棟（被害率5.24%）
・人的被害(揺れ・斜面)　死者数2,001人（被害率0.13%）

【火災被害】
・焼失棟数　8,004棟（被害率1.22%）
・死者数　　149人（被害率0.01%）

（3）島原沖断層群（M6.8）の場合

【死者数予測・計36人】
・揺れ：25人
・斜面崩壊等：3人
・火災：8人

【建物被害】
・大破棟数　1,519棟（被害率0.23%）
・人的被害(揺れ・斜面)　死者数28人（被害率ー%）

【火災被害】
・焼失棟数　393棟（被害率0.66%）
・死者数　　8人（被害率ー%）

（4）橘湾西部断層帯（M6.9）の場合

【死者数予測・計127人】
・揺れ：14人
・斜面崩壊等：110人
・火災：3人

【建物被害】
・大破棟数　551棟（被害率0.08%）
・人的被害(揺れ・斜面)　死者数124人（被害率0.01%）

【火災被害】
・焼失棟数　169棟（被害率0.03%）
・死者数　　3人（被害率ー%）

（5）大村－諫早北西付近断層帯（M7.1）の場合

【死者数予測・計424人】
・揺れ：238人
・斜面崩壊等：153人
・火災：33人

【建物被害】
・大破棟数　5,921棟（被害率0.90%）
・人的被害(揺れ・斜面)　死者数391人（被害率0.03%）

【火災被害】
・焼失棟数　1,665棟（被害率0.25%）
・死者数　　33人（被害率ー%）

耐震化による減災効果予測

長崎県地震等防災アセスメント調査報告書では建物の耐震化によって死者数が6から9割減少することも示されています。

【耐震化による人的被害（死者数）の軽減効果】
■雲仙地溝北縁断層帯
（現状）773人→（耐震化対策後）263人…減少率66%
■雲仙地溝南縁 東部断層帯と西部断層帯の連動
（現状）1,689人→（耐震化対策後）757人…減少率55%
■島原沖断層群
（現状）25人→（耐震化対策後）2人…減少率92%
■橘湾西部断層帯
（現状）14人→（耐震化対策後）1人…減少率93%
■大村―諫早北西付近断層帯
（現状）238人→（耐震化対策後）75人…減少率68%