一方で、サンダーバードは強風などで迂回運転が行われ遅れることがよくあります。滋賀県内の湖西線が強風などで運転見合わせとなったときに、これまでも特急サンダーバードは米原経由で迂回運転することで遅れが発生しましたが、この場合の対応についてはJRは想定をして臨むとの立場です。

ＪＲ西日本金沢支社総務課・片井秀明さん「敦賀駅からのつるぎ号、新幹線のほうも接続待ちを基本的に行って、極力お客様の事前に取られている指定席とかが変更にならないように配慮している。ただしどうしても遅れ時間が大きくなってしまうと接続が難しいということになるので、その場合は代わりに敦賀の近くに車両基地があるので、そこから新しい列車を準備して臨時で走らせるということもしている」

JR西日本によりますと、おおむね30分程度の遅れまでは敦賀発のつるぎの出発を遅らせる対応とし、それ以上の遅れとなった場合にはサンダーバードに接続するつるぎの臨時列車を走らせているということで、3月16日の敦賀開業から1か月の間にも実際に数本が運転されたということでした。