最短距離となる2区5.8㎞、2位の駒沢は来年、実業団のヤクルトに進む帰山侑大（4年）が最初の1㎞で中央の濵口大和（1年）を逆転、徐々に差を広げていった。この駒沢に迫っていたのが早稲田、10位でタスキをもらった山口智規（4年）が最高の走りを見せ、残り1㎞でトップの駒沢・帰山に追いついた。

残り600mで早稲田の山口智規は横の帰山の表情を確認してラストスパート、区間賞の走りで9人抜きの大逆転でタスキリレー、2位には5秒差で駒沢、3位は21秒差で創価、中央は9人に抜かれて10位、青学は当日変更した折田が5人に抜かれて11位となった。

3区8.5㎞、早稲田は去年の全国高校駅伝1区（10キロ）で日本人最高記録の28分43秒で区間賞を獲得したルーキー鈴木琉胤（1年）、駒沢の桑田駿介（2年）に後ろにつかれるが落ち着いた入りを見せた。

5㎞付近で3位集団、創価のスティーブン ムチーニ（3年）、国学院の野中恒亨（3年）、IVY選抜のG.ブランクス（ハーバード大）、城西大のヴィクター キムタイ（4年）の4人が2位の駒沢の桑田を吸収すると、トップの早稲田の鈴木に迫っていった。残り700mで城西のキムタイがスパートをかけて早稲田の鈴木に追いつくと、鈴木も並走。しかし、城西に差をつけられると、国学院の野中にも抜かれて3位、それでも、ルーキーがしっかりとした走りを見せた。キムタイは3年連続区間賞でタスキリレー、1位は城西大、2位が国学院、3位は早稲田。