長崎市宝町～幸町間を結ぶ国道202号の宝町立体交差（アンダーパス）が冠水し、午後2時56分から午後3時45分まで、およそ1時間、通行止めとなりました。

冠水時、立体交差の最下部では貨物自動車が一台、止まったまま動けなくなっていました。
乗っていた人2人は「水が溜まっているかなとは思ったが、10センチ程度に見えたので、そのまま（アンダーパスに）入ったところ、エンジンが止まって動けなくなり、避難した。出てきた時は水位は60センチあった」と話していました。

この影響で、長崎バスは迂回運行となり、路線によって茂里町経由などで運行していましたが、午後3時50分頃から通常運行となっています。

気象庁のアメダスによりますと、長崎市では午後3時10分までの1時間で57.0ミリの雨を観測していました。