国の文化審議会が「国指定の史跡」とするよう文部科学大臣に答申したのは、菊池市の深川・北宮地区にある北宮館跡（きたみや やかたあと）と石組遺構（いしぐみ いこう）、そして北宮阿蘇神社を含めた「菊池氏遺跡」です。

菊池一族は、平安時代から有力武士として台頭し、鎌倉時代には朝廷にも仕えるなど肥後（ひご）・筑後（ちくご）一帯の守護職として一時代を築きました。

発掘調査で見つかった館跡や土器のほか、菊池川沿いの船着場の遺構が、中世の歴史を知る重要な遺跡として評価されました。