ＪＲ東日本は地震発生後、管内のすべてで列車を緊急停止し、安全点検を行いました。
乗客は「ものすごい揺れで船酔いみたいになって気持ち悪かった。揺れの長さもすごかった」
「白馬でスキーをした後に東京に帰る予定だったが乗る直前で地震。新幹線に乗っているときやリフトの上じゃなくてよかった」と話しました。

ＪＲ東日本によりますと運転を見合わせていた北陸新幹線は東京ー長野間が
午後５時半に再開しましたが大幅な遅れが出ています。
長野ー金沢間の運転再開の見込みは立っていません。

ＪＲ松本駅も、年越しを信州で過ごし首都圏に帰る登山者や団体ツアー客などで混雑しました。
登山客の女性は「まさにホームに入るときだったので。余りに揺れがひどいので
駅の外に避難して（再開しなければ）泊まることも検討していますが…」
足止めになった外国人観光客も多く、運行の休止を知らせるホワイトボードを英語に書き写す人もいました。

ＪＲ篠ノ井線は篠ノ井駅と松本駅の間で飯山線は長野駅と越後川口駅の間で、運転を見合わせています。しなの鉄道も一部の区間で一時、運転を見合わせました。
北しなの線は終日運転を見合わせます。

また、長野電鉄も一時全線で運転を見合わせていましたが運転を再開しました。

日本道路交通情報センターによりますと、信濃町インターと上越ジャンクションの間の上下線で通行止めとなっています。