2015年にドラフトゲノムを解析してHSP群の遺伝子を同定

【図3】提供　田村隆教授

本菌は2015年にドラフトゲノムを解析しておりHSP群の遺伝子を同定しています。DnaKについてはdnaJ, hspRとともにオペロンを構成しているDnaK1があり、それとは別に単独に存在するDnaK2, DnaK3がいます。

シャペロニン GroES/ELにもオペロン型のgroEL1と単独型のgroEL2がいます。これらの塩基配列にもとづいてプライマーを設計してRT-qPCRを実施しました。
本研究では発現量を解析したい遺伝子と内部標準として選択したハウスキーパー遺伝子の希釈系を用いてqPCRを行い検量線を引きます。

傾きはPCRの増幅効率を反映してy軸の切片がもともと希釈していないcDNAに含まれる遺伝子のコピー数を反映します。解析したい遺伝子を何倍濃縮すればリファレンスと同じコピー数になるか計算できるので、遺伝子間の相対的な発現量が計算できるという方法です。